تم تعيين معالي الشيخ محمد بن عيسى آل خليفة مستشاراَ للشؤون السياسية والاقتصادية لديوان سمو ولي العهد عام 2012. شغل معاليه قبل ذلك منصب الرئيس التنفيذي لمجلس التنمية الاقتصادية في البحرين بين عامي 2005 و2012 حيث كان مسؤولاً عن ضمان استمرار وتحفيز نمو الاقتصاد البحريني.

يساهم معاليه بصورة كبيرة في مجال التنمية الاقتصادية على مستوى المنطقة، ولا سيما من خلال المنتدى الاقتصادي العالمي بالإضافة إلى المنتديات الإقليمية. يشغل معاليه حاليًا منصب رئيس مجلس إدارة صندوق العمل البحريني (تمكين)، وهو عضو مجلس إدارة في برنامج ولي العهد للمنح الدراسية العالمية ومجلس التنمية الاقتصادية وطيران الخليج ومجموعة ماكلارين. يحمل الشيخ محمد درجة البكالوريوس في النظرية الاقتصادية من الجامعة الأمريكية في واشنطن العاصمة ودبلوم الدراسات العليا في الأعمال التجارية من كلية لندن للاقتصاد.